抗击新冠病毒：NVIDIA免费开放GPU基因组测序软件
番茄系统家园 · 2022-03-28 06:03:45
为应对新冠病毒疫情， NVIDIA宣布，将向全球所有COVID-19新型冠状病毒研究人员免费提供90天的Parabricks软件使用权。
NVIDIA Parabricks软件基于著名的Genome Analysis Toolkit工具包，可通过GPU加速计算， 将序列数据分析的速度提高50倍。
目前，各地科研人员正在对新状病毒和COVID-19感染者的基因组进行测序，以了解疾病的传播方式并确定易感染人群，但分析基因组序列需要耗费大量的时间和计算力。
Parabricks团队去年12月刚刚加入NVIDIA，他们的软件可以在一台服务器上快速分析一个人的全部基因组变异，并且将分析时间从传统的几天，缩短至一个小时以内。
鉴于此次疫情史无前例的传播速度，如此巨大的提速无疑将对了解病毒进化、疫苗开发带来巨大的推动作用。
NVIDIA也在联系云服务供应商和超级计算中心，争取提供更多的计算资源和Parabricks访问途径。
不过， 只有使用NVIDIA GPU，才能申请并获得Parabricks软件的使用权。
另外，使用Oxford Nanopore long-read数据的研究人员，可以GitHub上找到GPU加速工具存储库，以下应用也已内置NVIDIA GPU加速功能：Medaka、Racon、Raven、 Reticulatus、Unicycler。
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